Laboratoires et unités de recherche

Microbiote et système immunitaire


Mécanismes immuno-métaboliques des maladies cardiovasculaires, U970 – Paris Centre de Recherche Cardiovasculaire

Athérosclérose, infarctus du myocarde, inflammation, cytokines, métabolisme.

Pr Hafid AIT-OUFELLA – hafid.aitoufella@inserm.fr, Dr Ziad MALLAT et Dr Soraya TALEB



Maladies métaboliques et pathologies ostéo-articulaires liées au vieillissement, UMR_S 938 – Centre de Recherche Saint-Antoine, département Métabolisme et Inflammation

Maladies rhumatologiques associées aux MICI, polyarthrite rhumatoïde, spondylarthrites, arthrose, biomarqueurs, cohorte, modèles in vitro et animaux d’arthrose, collection biologique et tissulaire articulaire, maladies métaboliques, système cholinergique / nerf vague, évaluation préclinique et clinique des traitements rhumatologiques.

Prs Francis BERENBAUM – francis.berenbaum@aphp.fr, Jérémie SELLAM – jeremie.sellam@aphp.fr, Xavier Houard, Drs Claire ATTALI, Karine OUATI, Julien CHAMPEY, Camille DEPROUW, Sandra DESOUCHES et Alice COURTIES


Spondylarthrite, génétique, immunologie, microbiote, HLA-B27.


Maladies biliaires, cholangite sclérosante primitive, stéatopathie non-alcoolique, axe foie-intestin, nécroptose, fibrose hépatique, carcinogenèse hépatique, myofibroblastes hépatiques.

Prs Olivier CHAZOUILLERES – olivier.chazouilleres@aphp.fr et Chantal HOUSSET – chantal.housset@inserm.fr, Drs Sara LEMOINNE – sara.lemoinne@aphp.fr, Jérémie GAUTHERON et Patrick SOUSSAN


Recherches fondamentales et translationnelles dans le domaine de l’obésité et des troubles métaboliques associés, microbiote intestinal et maladies cardio-métaboliques, impact de l’environnement, nutrition.


Pr Alex DUVAL – alex.duval@inserm.fr


Microbiote intestinal et maladies métaboliques, métabolisme, transport et malabsorption des sucres ; microbiote intestinal et axe tube digestif – cerveau, comportement alimentaire, signaux de satiété et nutrition ; pathologies hépatiques et encéphaliques ; microbiologie, physiologie intestinale et physio-pathologie, rongeurs germ-free.


Cellules T régulatrice chez l’homme et leur rôle dans les pathologies inflammatoires chroniques (lupus, sclérodermie, sarcoïdose, rejet de greffe, microbiote et pathologies auto-immunes (sclérose en plaque)), caractérisation des cibles reconnues par les anticorps auto-immuns, microbiote et déficit immunitaire, technique « Phage display », ingénierie des anticorps et récepteurs des cellules T, séquençage et analyse des répertoires immunitaires ; cytométrie en flux, spectrométrie.

Prs Guy GOROCHOV – guy.gorochov@aphp.fr & Zahir AMOURA, Drs Delphine STERLIN, Jehane FADLALLAH, Alexis MATHIAN, Makoto MIYARA, Alicia MORENO & Karim DORGHAM, Christophe PARIZOT, Elyes BEN SALAH, Lise HUNAULT et Hans YSSEL


Maladies inflammatoires et mécanismes physiopathologiques, biomarqueurs, immunité innée, micro ARN, Yersinia, barrière intestinale.


Ecosystèmes intestinaux, vaginaux, pulmonaires et cutanés, leurs effets bénéfiques sur l’hôte et mécanismes d’action, réponses immunitaires et physiologiques de l’hôte aux bactéries et aux champignons commensaux, aux probiotiques dans des contextes nutritionnels, dialogue hôte – microbiote intestinal et alimentation, prébiotique et/ou symbiotique, physiologie de l’hôte (naissance et vieillissement) et physio-pathologie (inflammation, cancer, obésité), axe intestin – poumon.

Drs Philippe LANGELLA – philippe.langella@inrae.fr, Sandrine AUGIER, Luis BERMUDEZ, Florian CHAIN, Jean-Marc CHATEL, Claire CHERBUY, Eugénie HUILLET, Rebeca MARTIN-ROSIQUE, Mathias LAVIE-RICHARD, Marie-Laure MICHEL, Vinciane SAINT CRIQ, Muriel THOMAS


Drs Nicolas LAPAQUE – nicolas.lapaque@inrae.fr, Joël DORE, Maarten VAN DE GUCHTE, Stanislas MONDOT, Catherine JUSTE, Christel MAILLET, Mouna HANACHI, Alexandre JAMET

Bactéries commensales, étude de la symbiose hôte – microbiote (ERC Homo Symbiosus), étude du rôle de l’alimentation dans la symbiose : microbiote et anorexie mentale, dégradation des fibres / polyphénols par le microbiote et perturbation / restauration de l’écologie intestinale par l’alimentation (ERC Homo Symbiosus), étude des mécanismes moléculaires régulant l’homéostasie et la symbiose : rôle de l’immunité innée ; culture de bactéries anaérobies (tubes hungate, chambre de freter), systèmes de fermenteurs, modèles animaux de colites (DDS), d’obésité (riche en gras, riche en sucre) et rongeurs axéniques, modèles in vitro (systèmes et délétion par CRISPR en lignées cellulaires) et modèles d’organoïdes intestinaux ; métagénomiques (16S) et bioinformatique.


Pathologies nutritionnelles (obésité et dénutrition), chirurgie bariatrique, syndrome du grêle court, tractus gastro-intestinal, épithélium intestinal et cellules immunitaires, cellules entéro-endocrines et entéro-hormones, microbiote et métabolites microbiens ; modèles murins (chirurgie bariatrique, syndrome du grêle court), perméabilité intestinale (chambre de Ussing et in vivo) et activité de transporteurs électrogéniques (chambre de Ussing), dosage d’entéro-hormones en simplex ou multiplex.

Dr Maude LE GALL – maude.le-gall@inserm.fr


Allogreffe, immunothérapie, CAR-T cell, GVH, décontamination BHRe.


Mécanismes de l’inflammation, microbiote intestinal et lésions hépatiques dues à l’alcool et au surpoids, lipides et cellule de Kupffer dans l’inflammation hépatiques, microbiote intestinal et cirrhose compensée, obésité, analyses sur modèles cellulaires, animales et humains.

Pr Gabriel PERLEMUTER – gabriel.perlemuter@aphp.fr, Drs Anne-Marie CASSARD – cassard.doulcier@universite-paris-saclay.fr – Dragos CIOCAN, Vanessa LIEVIN – LE MOAL & Cosmin VOICAN


Physiopathologie orale, inflammation, remodelage osseux, modèles murins parodontites, plateforme imagerie 3D petit animal.


MICI, interaction microbiome intestinal et hôte, écologie du microbiome intestinal, physiologie des cellules épithéliales intestinales, analyse des molécules hydrophobes du milieu intestinal et interaction micro-organismes et immunité de l’hôte.

Prs Harry SOKOL – harry.sokol@aphp.fr, Philippe SEKSIK – philippe.seksik@aphp.fr et Dr Nathalie ROLHION

Microbiote et omics


Etude et analyse du microbiote : spectrométrie de masse, séquençage, métabolomique, bio-informatique et bio-analyse, modélisation de systèmes.

Prs Harry SOKOL – harry.sokol@aphp.fr, Philippe SEKSIK – philippe.seksik@aphp.fr et Dr Nathalie ROLHION

Spectrométrie de masse, analyses métabolomiques, lipidomiques et glycomiques, médecine personnalisée, biomarqueurs (prédisposition, pronostic, diagnostic, ou de suivi de pathologies).

Christophe JUNOT – christophe.junot@cea.fr, François FENAILLE – francois.fenaille@cea.fr, Florence CASTELLI, Benoît COLSCH, Emeline CHU-VAN

MetaGenoPolis

Stockage et management des échantillons, séquençage shotgun, métagénomique quantitative et fonctionnelle, traitement bio-informatique et analyses biostatistiques, criblage à haut débit et imagerie à haut débit.

Drs Joël DORE – joel.dore@inrae.fr et Sébastiens FROMENTIN – sebastien.fromentin@inrae.fr

Plateforme d’Analyses Protéomiques de Paris Sud-Ouest, Micalis UMR1319

Métaprotéomique intestinale, intégration omics, protéomique, phosphoprotéomique, modifications post-traductionnelles, spectrométrie de masse très haute résolution : quantification relative et analyses biostatistiques (développement de paquets R de statistique en métaprotéomique et protéomique, metaprotR et MCQR).

Dr Véronique MONNET – veronique.monnet@inrae.fr et Céline HENRY – celine.henry@inrae.fr

Phages


Phage : dynamique des génomes de bactériophages, UMR 1319 – pôle Adaptation bactérienne et pathogénèse

Ecosystème intestinal, dynamiques phages – bactéries, culturomique, virome, génomique comparative, bio-informatique.

Drs Marie-Agnès PETIT – marie-agnes.petit@inrae.fr, Marianne DE-PAEPE

Microbiote et épidémiologie


Pharmaco-épidémiologie, évaluation des soins, du bénéfice / risque des biomédicaments et leurs conséquences sur le bénéfice / risque des produits de santé.

Pr Laurent BEAUGERIE – laurent.beaugerie@aphp.fr, Pr Florence TUBACH, responsable équipe & Drs Julien KIRCHGESNER, David HAJAGE

Pr Karine LACOMBE – karine.lacombe2@aphp.fr

Microbiote et statistiques, intelligence artificielle


Statistique, machine learning, application aux sciences du vivant.

Gérard BIAU – gerard.biau@sorbonne-universite.fr et Anna BONNET – anna.bonnet@sorbonne-universite.fr

IA, machine learning, analyse prédictive, clustering, stratification, métagénomique, deep learning, modèles interprétables, CVD.

Jean-Daniel ZUCKER – jdzucker@gmail.com et Edi PRIFTI – edi.prifti@ird.fr

Sylvain LE CORFF